A unos 10 km de Puerto Maldonado y después de una hora y media de caminata se encuentra el Lago Sandoval, rodeado de aguajales, orquídeas, lupunas, caobas y palmeras mauritias de hasta 30 metros de alto. El lago también es hogar de una gran variedad de especies como tucanes, guacamayos, loros, garzas, tapires, tortugas y refugio de la nutria de río y el lagarto negro, ambos en peligro de extinción. En los alrededores del lago Valencia, a 60 km de Puerto Maldonado por el río Madre de Dios, viven diversas comunidades nativas dedicadas a la pesca de doncellas, dorados y paiches y es también hábitat de una variedad de especies de flora y fauna.

El Parque Nacional del Manu (1 716.295 ha), ubicado en los departamentos de Cusco y Madre de Dios, alberga más de 800 especies de aves, 200 especies de mamíferos, árboles gigantescos y es también hogar de comunidades nativas. Es en este Parque se mantiene actualmente el record de avistamiento de aves en un solo día y en un solo lugar, con 324 especies.

La Reserva Nacional Tambopata-Candamo (274.690 ha) es conocida por poseer la mayor diversidad de especies de mamíferos, árboles, insectos y aves del mundo y tiene el récord mundial en cantidad de especies de mariposas. En el Parque Nacional Bahuaja-Sonene (1.091.416 ha) se encuentra la única sabana húmeda tropical existente en el Perú. Destacan el lobo de crin y el ciervo de los pantanos, especies en peligro de extinción, así como el oso hormiguero gigante, la nutria gigante, el perro de monte, el lagarto negro y el águila arpía.